容易有食品危害菌滋生的食物稱為高風險食物，反之則為低風險食物。以食物的特性說明，具有較高水活性的食物因為容易滋生食品危害菌，因此為高風險食物，如：生鮮水果及肉類；水活性低的食物，例如：乾穀物，則不易滋生細菌，屬於低風險食物。在酸鹼值方面，當pH值小於4.8時食品危害菌不會滋長，法規則將酸度訂於4.6，因此酸鹼值須低於4.6時才屬於低風險食物，在食品加工上則可以調整酸鹼值，使其下降至4.6，讓食物的風險大幅減低。
除此之外，營養源較多的食物也屬於高風險食物，例如肉類平均的營養密度比青菜多，所以肉類更容易腐敗；且食物中所含天然抗菌物質較少時也容易滋生病菌，像大蒜和洋蔥因含有天然抗菌成份，較不容易滋生食品危害菌。外在環境方面，攝氏 7 至 60 度之間屬於危險溫度帶，細菌能在此溫度區間快速增生，所以冷藏或冷凍可大幅減緩細菌的生長速度，可降低食物風險。微生物本身的特性也會影響風險高低，像是冷藏的優格，其中乳酸菌會分泌乳酸，使食物呈酸性，除此之外也會分泌抑菌物質使食物不易腐壞，再加上冷藏溫度，所以也屬於風險較低的食物。
對於高風險食物，管控上就需要更加嚴格，如：罐頭大多屬於高蛋白質食物，再加上厭氧環境，容易造成肉毒桿菌滋生的問題，因此屬於高風險食物，因此需要管控滅菌程度，一定要達到能讓肉毒桿菌孢子死滅的程度才能上市。
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