人體具有許多對抗微生物進入體內的機制,像是皮膚、粘膜的物理性阻隔,另外還有胃酸與膽鹽,胃酸的主要成分為鹽酸,pH值僅有2.2,而膽鹽成分則含有膽鹼,pH為7.9,因此人體也可以透過極端的酸鹼值來殺死進入腸胃道的細菌。

然而,益生菌也是微生物,胃酸和膽鹽就成為益生菌進入腸道的最大挑戰,有些菌種不耐胃酸,也不耐膽鹼,在攝取後容易在胃與十二指腸就被殺滅,失去原本的功效訴求。因此,食品科技上發展出耐酸鹼的晶球包覆技術,將不耐酸鹼的菌種包覆於內,使其可以通過胃酸與膽鹽的考驗,順利達到定殖的部位。不過,並非所有的菌種都需要包覆,如菌種本身及可耐受酸鹼值的變化即不需要包覆。因此建議消費者可以視產品包裝上的說明,選擇適當的產品,並依照其建議的儲存方式存在益生菌,才可以確保其具有最大的活性。